Das MOTRA-Konsortium sind diejenigen Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler, die das Projektvorhaben direkt umsetzen. Sie sind aufgrund ihrer fachspezifischen Kompetenzen und Erfahrung mit den MOTRA-Modulen betraut und teilen ihre Forschungsergebnisse auf der MOTRA-Konferenz (MOTRA-K), im MOTRA-Monitor oder anderen anlassbezogenen Veröffentlichungen.
Neben der Forschungsstelle Terrorismus/Extremismus des Bundeskriminalamts (Wiesbaden), die als Projektkoordinator fungiert, sind bundesweit zahlreiche renommierte Universitäten und wissenschaftliche Forschungsinstitute als Projektpartner beteiligt: die Kriminologische Zentralstelle (KrimZ) aus Wiesbaden, die Hochschule Fresenius (HSF) aus Wiesbaden, die Berghof Foundation Operations GmbH (BF) aus Berlin, das Wissenschaftszentrum Berlin für Sozialforschung gGmbH (WZB), die Universität Hamburg (UHH), das German Institute of Global and Area Studies (GIGA) aus Hamburg, das Karlsruher Institut für Technologie (KIT) und die Ludwig-Maximilians-Universität (LMU) aus München.